El Servicio Nacional del Patrimonio tiene a su cargo la gestión de 24 museos de carácter regional y especializado, que se encuentran a lo largo de todo el país, desde Antofagasta en el norte, a Puerto Williams en el extremo sur, incluyendo el Museo Antropológico R. P. Sebastián Englert, de Isla de Pascua.
Algunas de sus muestras están íntimamente ligadas a la historia y cultura de la región, como las de los museos de Copiapó, Rancagua, Yerbas Buenas, Ancud y Aysén, mientras otras exhibiciones responden a una temática antropológica y arqueológica como las del Museo de Isla de Pascua, el Museo Mapuche de Cañete y el Museo Martín Gusinde de Puerto Williams.
Unas unidades incorporan la botánica, la mineralogía, la paleontología y la zoología, entre otras disciplinas, como es el caso de los museos de Historia Natural de Valparaíso y el de Concepción o el Museo de Historia Natural de Valparaíso.
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